Erste Pläne, die Marienkapelle äußerlich zu erhalten und in eine Kita umzubauen, ließen sich nicht umsetzen, unter anderem, weil die nötige Gebäudeisolierung einem Neubau gleichgekommen wäre, teilte der Kirchenkreis Hamburg-West/Südholstein mit. Nachdem Anfang Juni 2012 die Baugenehmigung erteilt wurde, wird das Baumanagement des Kirchenkreises nun die Kapelle abreißen und anstelle der Kapelle eine neue Kita in Passivhausbauweise bauen. Damit der Kitabetrieb während des Baus weitergehen kann, sind die jetzigen Kita-Kinder übergangsweise in einem 90 Quadratmeter großen, provisorischen Gebäude auf dem Grundstück untergebracht.
Einige Elemente der ehemaligen Marienkapelle werden in den neuen Bau übernommen: die Solartechnik, ein Betonquader mit der Aufschrift Jesus Christus spricht: Kommet her zu mir alle“ und das Glockentürmchen mit zwei Glocken. Das Altarkreuz wird Teil einer neuen Alltagskapelle in der ehemaligen Taufnische der Christuskirche; die Orgel wurde bereits in eine Kirche in Portugal eingebaut, die ein Instrument in genau diesen Abmessungen gesucht hatte.
Die Umwandlung der Marienkapelle hat eine längere Geschichte. Mit der Fusion der vier Kirchen in Eidelstedt zu einer Kirchengemeinde Eidelstedt im Jahr 2006, notwendig durch den Rückgang an Kirchenmitgliedern, hat die Gemeinde beschlossen, das Gemeindeleben auf Elisabethkirche und Christuskirche zu konzentrieren. So wurden im Frühjahr 2011 die Marienkapelle und die Johanneskirche als Kirchenstandorte aufgegeben und entwidmet. Im Sommer 2011 hat die Kirchengemeinde Kapelle und Grundstück an den Ev.-Luth. Kirchenkreis Hamburg-West/Südholstein verkauft. Mit dem Erlös finanziert die Kirchengemeinde zu einem wesentlichen Teil den geplanten Bau eines neuen Gemeindehauses an der Christuskirche.